Timescape怎么用？克隆进化可视化难不难？

2025-10-22 出处：爱搜科技网作者：ajseo 浏览量： 35 次

哎呀，最近好多人在问Timescape这个工具到底咋用，说实话我第一次接触的时候也觉得头大😅！特别是做克隆进化分析的小伙伴，经常卡在数据准备和可视化这一步。今天我就结合自己踩过的坑，跟大家唠唠怎么用Timescape搞定克隆进化可视化，顺便分享点实用技巧～

先说说Timescape是干啥的

Timescape其实是一个R语言包，专门用来可视化克隆进化过程的。比如你通过PyClone或者CITUP这些工具拿到了细胞频率和系统发育树的数据，Timescape就能帮你生成动态的演化图，展示不同时间点克隆群体的变化。我觉着它最厉害的地方是能直观看到肿瘤演化路径，对研究癌症进展特别有用！

安装这事儿其实不难

刚开始我总觉得装R包挺麻烦的，但Timescape其实通过Bioconductor就能一键安装。记得用这段代码：

r复制

要是网络不好可能得多试几次，有时候换国内镜像源会快一点。装完以后用library(timescape)加载，没报错就成功啦！

数据准备才是重头戏

好多人在这一步翻车，我也是折腾了好久才搞明白。Timescape需要三个核心文件：

1.
cellfreq.txt：记录每个时间点各克隆的细胞频率，格式得是表格，第一列时间点，后面是克隆ID和频率值。
2.
tree.txt：描述克隆之间的演化关系，两列数据，来源克隆和目标克隆，比如"1,2"表示克隆2从克隆1分化出来。
3.
sample_id：简单列出样本名称就行，用来标识不同时间点。

个人小技巧：我一般先用PyClone生成初步数据，再用CITUP优化树结构，最后整理成Timescape需要的格式。记得检查数字有没有空格或格式错误，不然容易报错！

运行和调整参数

基本代码框架长这样：

r复制

重点来了！height参数可以调整图形高度，如果克隆数量多就设大点。还有个隐藏功能是加mutations参数，能显示突变细节，不过数据准备更复杂，新手可以先跳过。

可视化结果怎么解读

跑通之后会出现一个交互式网页图，左边是演化树，右边是时间轴上的克隆频率变化。我第一次看到的时候简直惊艳！✨

•
颜色区分：每个克隆自动分配不同颜色，一眼就能跟踪特定克隆的兴衰。
•
时间点滑动：如果提供了多个时间点（比如诊断前、治疗后），可以动态观察克隆比例变化。
•
突变信息：高级用法还能标注特定基因突变，直接关联演化事件。

但要注意哦，Timescape默认生成HTML文件，可以用浏览器打开。如果需要发表论文，最好保存成SVG格式再用AI软件微调样式，这样图片更清晰。

常见问题排查

我自己遇到最多的是数据格式报错，比如：

•
克隆ID不连续或重复
•
细胞频率加起来不等于1
•
树结构有循环（比如克隆1指向克隆2，克隆2又指回克隆1）
这时候得回去检查PyClone和CITUP的输出，确保逻辑没问题。另外R版本太老也可能兼容性出问题，建议用最新版R和Bioconductor。

最后唠点心得：Timescape虽然上手有点门槛，但一旦跑通真的很强大！特别是对于需要展示肿瘤异质性或者抗生素耐药演化的小伙伴，这种可视化能让结果瞬间高大上。不过它更适合已经有生物信息基础的人，如果是纯新手，建议先玩明白PyClone再尝试。